Träger des Musikkindergartens Berlin ist ein 2005 gegründeter gemeinnütziger Verein, der Musikkindergarten Berlin e.V. Die Mitglieder des Trägervereins sind:

Daniel Barenboim, Elena Bashkirova (Vorstandsvorsitz), Rainer O. Brinkmann, Andreas Doerne, Jürgen Flimm, Wolfgang Hinzpeter (Vorstandsvertretung), Peter Mussbach, Michael Naumann, Thomas Quasthoff, Linda Reisch (Geschäftsführung), Pamela Rosenberg, Fabian Schäfer (Vorstandsvertretung), Matthias Schulz, Wolf Singer, Stefanie Uibel (Vorstandsvertretung), Leonore Wüstenberg.