Träger des Musikkindergartens Berlin ist ein 2005 gegründeter gemeinnütziger Verein, der Musikkindergarten Berlin e.V. Die Mitglieder des Trägervereins sind:

Daniel Barenboim, Rainer O. Brinkmann, Andreas Doerne, Jürgen Flimm, Wolfgang Hinzpeter (Vorstandsvertretung), Peter Mussbach, Thomas Quasthoff, Linda Reisch (Geschäftsführung), Pamela Rosenberg (Vorstandsvorsitz), Fabian Schäfer (Vorstandsvertretung), Wolf Singer, Stefanie Uibel (Vorstandsvertretung), Leonore Wüstenberg.

Der Musikkindergarten Berlin wird seit 2011 unterstützt durch einen Beirat, der sich vor allem als Botschafter versteht: Botschafter des Modellprojekts Musikkindergarten Berlin als auch Botschafter der Idee „Musik bildet.“

Die Mitglieder des Beirats sind: Dorothee von Heydebreck, Reinhard Kahl, Gabriele Kluge, Carsten Siebert, Stefan Spieker, Tabea Zimmermann, Peter Zühlsdorff.

Der Kita-Ausschuß ist ein ständiges Gremium des Musikkindergartens, das in jedem Kita-Jahr neu zusammengesetzt wird: mit drei von den Gruppen-Elternvertretern gewählten Gesamtelternvertretern, zwei Vertreterinnen des Erzieherteams und der Kita-Leitung und der Geschäftsführerin des Trägervereins. Ein Mitglied des Fördervereins ist ständiger Gast. Der Kita-Ausschuß tagt zweimonatlich und dient dem regelmäßigen Austausch zwischen Eltern, Erzieherinnen, Leitung und Träger.


Eltern von Kindern, die den Musikkindergarten besucht haben, gründeten 2014 einen gemeinnützigen Förderverein. Der Auftakt der Tätigkeit war im August 2014 ein Benefizkonzert für den Musikkindergarten Berlin: Das Artemis Quartett begeisterte in einer öffentlichen Generalprobe.