Träger des Musikkindergartens Berlin ist ein 2005 gegründeter gemeinnütziger Verein, der Musikkindergarten Berlin e.V. Die Mitglieder des Trägervereins sind:

Daniel Barenboim, Rainer O. Brinkmann, Andreas Doerne, Jürgen Flimm, Wolfgang Hinzpeter (Vorstandsvertretung), Peter Mussbach, Thomas Quasthoff, Linda Reisch (Geschäftsführung), Pamela Rosenberg (Vorstandsvorsitz), Fabian Schäfer (Vorstandsvertretung), Wolf Singer, Stefanie Uibel (Vorstandsvertretung).