Träger des Musikkindergartens Berlin ist ein 2005 gegründeter gemeinnütziger Verein, der Musikkindergarten Berlin e.V. Die Mitglieder des Trägervereins sind:

Daniel Barenboim, Rainer O. Brinkmann, Andreas Doerne, Jürgen Flimm, Wolfgang Hinzpeter (Vorstandsvertretung), Peter Mussbach, Thomas Quasthoff, Linda Reisch (Geschäftsführung), Pamela Rosenberg (Vorstandsvorsitz), Fabian Schäfer (Vorstandsvertretung), Wolf Singer, Stefanie Uibel (Vorstandsvertretung), Leonore Wüstenberg.